Школа была открыта при соборе святой Великомученицы Екатерины в 1992 году и имела статус негосударственного образовательного учреждения «Духовная гимназия».
В апреле 2005 года школа прошла аттестацию, изменился её статус, она стала называться «Негосударственное общеобразовательное учреждение «Кингисеппская средняя общеобразовательная школа Православной культуры».
В октябре 2009 года на основании приказа местной православной религиозной организации «Приход собора святой Великомученицы Екатерины» от 15 октября 2009 года №3 негосударственное общеобразовательное учреждение «Кингисеппская средняя общеобразовательная школа Православной культуры» была переименована в частное общеобразовательное учреждение «Кингисеппская средняя общеобразовательная школа Православной культуры».
